لقد كان استشهاد الإمام الصادق(سلام الله عليه) من الأحداث الخطيرة التي مُني بها العالم الإسلامي في ذلك العصر، فقد اهتزّت لهوله جميعُ أرجائه، وارتفعت الصيحة من بيوت الهاشميّين وغيرهم وهرعت الناس نحو دار الإمام وهم ما بين واجمٍ ونائحٍ على فقد الراحل العظيم الذي كان ملاذاً ومفزعاً لجميع المسلمين.
ففي اليوم الخامس والعشرين من شوال عام (148) للهجرة فُجع أهل بيت النبوّة(صلوات الله عليهم) ومحبّوهم وموالوهم برحيل الإمام جعفر بن محمّد الصادق(عليه السلام) سادس الأئمّة الأطهار من أهل البيت (عليهم السلام).
ذكرت الروايات المعتبرة أنّ أبا العباس السفاح أوّل خلفاء بني العباس، طلب الإمام(عليه السلام) من المدينة إلى العراق ولكنّه أخلى سبيله وأجازه بالذهاب إلى المدينة بعد ما رأى المعاجز الباهرة والآيات الظاهرة والعلوم الوافرة والأخلاق العالية من الإمام الهمام.
فلمّا وصل الأمر إلى المنصور الدوانيقي أخي السفاح واطّلع على كثرة محبي وأتباع الإمام الصادق(عليه السلام) دعاه إلى العراق وصمّم على قتله خمس مرّات أو أكثر لكنّه كان ينصرف عن عزمه في كلّ مرّةٍ بعد مشاهدة المعاجز العظيمة منه (عليه السلام).
تتابعت المحن على سليل النبوّة الإمام الصادق(عليه السلام) في عهد المنصور الدوانيقي ،فقد كان الطاغية يستدعيه بين مدّةٍ وأخرى، ويقابله بالشتم والتهديد ولم يحترم مركزه العلميّ، وشيخوخته، وانصرافه عن الدنيا إلى العبادة، وإشاعة العلم، ولم يحفل الطاغية بذلك كلّه، فقد كان الإمام شبحاً مخيفاً له..
لقد صمّم المنصور على اغتياله غير حافلٍ بالعار والنار، فدسّ إليه سمّاً فاتكاً على يد عامله فسقاه به، ولمّا تناوله الإمام(عليه السلام) تقطّعت أمعاؤه، وأخذ يُعاني الآلام القاسية، وأيقن بأنّ النهاية الأخيرة من حياته قد دنت منه.
وأخذ الموت يدنو سريعاً من سليل النبوّة وفي اللّحظات الأخيرة من حياته أخذ يوصي أهل بيته بمكارم الأخلاق ومحاسن الصفات، ويحذّرهم من مخالفة أوامر الله وأحكامه، كما أخذ يقرأ سوراً وآيات من القرآن الكريم، ثم ألقى النظرة الأخيرة على ولده الإمام موسى الكاظم(عليه السلام)، وفاضت روحه الزكية إلى بارئها في (25شوال سنة 148هـ).
وقام الإمام موسى الكاظم(عليه السلام) وهو مكلوم القلب، فأخذ في تجهيز جثمان أبيه، فغسّل الجسد الطاهر، وكفّنه بثوبين شطويين-مفرده شطا إحدى قرى مصر- كان يُحرم فيهما، وبقميص وعمامة كانت لجدّه الإمام زين العابدين(عليه السلام)، ولفّه ببردٍ اشتراه الإمام موسى الكاظم(عليه السلام) بأربعين ديناراً. وبعد الفراغ من تجهيزه صلّى عليه ولده الإمام الكاظم(عليه السلام) مع مئات المسلمين.
وحُمِلَ الجثمانُ المقدّس على أطراف الأنامل تحت هالة من التكبير، وقد غرق الناس بالبكاء، وهم يذكرون فضل الإمام وعائدته على هذه الأُمّة بما بثّه من الطاقات العلمية التي شملت جميع أنواع العلم، وجيء بالجثمان الشريف إلى مقبرة البقيع، فدُفِنَ في مقرّه الأخير بجوار جدّه الإمام زين العابدين وأبيه الإمام محمد الباقر(عليهما السلام).